多囊卵巢治療方法主要有西醫、中醫多種不同的療法。簡單來說，一種是藥物治療，可用西藥和中藥，另一種是手術治療。一般藥物治療效果不是很理想，可採用微創手術治療，創傷小，恢復也快。如果多囊卵巢綜合症的症狀仍不算太嚴重，那也可以採取藥物治療的方式緩解病情。
雄激素過多是多囊卵巢綜合徵的基本特徵，藥物治療可以對抗雄激素的作用，促使卵巢排卵。使用的藥物主要是口服避孕藥，藥物同時可以調整月經週期。一般服用3-6個月左右，經過激素所平檢測正常後就可以停止服藥。可口服克羅米芬進行排卵治療，低劑量能促進垂體前葉分泌促性腺激素，從而誘發排卵，有月經者自經期第5日開始每日1次50mg，連服5日；無月經者任意1日開始，每日1次50mg，連服5日。一般在服藥後7日左右排卵，3周後自然行經。連服3個周爲一個療程。閉經的多囊卵巢病人可先用黃體酮，在撤退性出血第5天開始再服用克羅米芬。
中醫治療多囊卵巢綜合症上以補腎助陽或滋腎養陰、益氣健脾爲主，兼以疏肝理氣、活血化瘀、燥溼化痰、軟堅散結等法。中藥的治療對身體毒副作用比較小，另外中醫藥治療具有辨證靈活，調換組方自由度大，因病施治，因人施治，標本兼治，愈後不復發，具有治本除根的優勢。
