製備眼藥水時，應滿足無菌、等滲、適當pH值等質量要求。開封后，與外界空氣接觸，使用時也可與眼瞼、睫毛接觸，可能污染眼藥水，大大縮短保質期。因此，建議在開封后一個月內使用眼藥水，不建議在此時間以上使用。
除了一些有特殊保存溫度要求的眼藥水(如重組牛鹼性成纖維細胞生長因子滴眼液)外，大部分眼藥水只要封閉在陰涼乾燥的地方即可。有時把眼藥水放在冰箱裏不僅不能保存 "保鮮"，如果瓶蓋沒有擰緊，水分蒸發，也可能改變眼藥水的滲透壓，不利於眼睛健康。需要冷藏在冰箱裏的眼藥水，放進去前確保瓶蓋擰緊，最好用塑料袋擰緊，然後放進去。
目前市面上單劑量小包裝的眼藥水很多，可以避免上述問題。使用眼藥水前，應閱讀說明書。如果眼藥水顏色變化、渾濁、絮狀物等，不宜重複使用。
