腸道菌羣紊亂的患者主要可以採用以下幾類藥物進行治療，第一是益生菌製劑，比如整腸生、金雙歧等，也可以應用益生元;第二是對症治療的藥物，比如止瀉藥、通便藥、助消化藥等;第三是中醫藥調理，有助於改善腸道功能，促進腸道菌羣恢復平衡。
1、益生菌製劑
腸道菌羣失調常用的益生菌製劑有整腸生、金雙歧桿菌三聯菌片、枯草二聯桿菌活菌膠囊、乳酸菌素片等，雙歧桿菌、乳酸桿菌這類益生菌能夠抑制腸道有害菌，促進腸道微生態的平衡。患者也可以選擇應用益生元製劑，益生元能夠促進特定有益菌的生長增殖。
2、對症藥物
腸道菌羣紊亂的患者也可以根據不適症狀來進行適當的藥物治療，比如針對患者的腹瀉症狀，必要時可以應用蒙脫石散、洛哌丁胺等止瀉藥。如果有消化不良的症狀，可以適當應用助消化的藥物，比如多潘立酮、健胃消食片、健脾丸等。
3、中醫藥治療
中醫並沒有腸道菌羣的概念，但通過辨證論治，可以整體改善人體的免疫力，促進腸道功能恢復，進而幫助腸道菌羣恢復平衡。腸道菌羣失衡的患者常表現爲腹瀉、腹痛、便祕、消化不良、脹氣等不適症狀，通過中藥調理後也可以有效改善。
