新生兒巨結腸常用以下治療方案。
(1)保守療法:精心護理病兒，做好手術前準備。目的是消除腹脹、便祕給患兒帶來的痛苦，例如擴大肛門，用溫生理鹽水清洗腸道，服用緩和腹瀉藥，維持水電解質的平衡和營養等。洗腸前應以肛管或指檢，瞭解直腸擴張情況及痙攣段的情況，肛管應插過痙攣段，使洗腸效果滿意，腹部平坦、肌肉鬆弛。洗腸時應爲病兒保暖，防止繼發肺部合併症。
(2)手術治療:
①結腸造瘻。新生兒巨大結腸初期，結腸造瘻是一種較好的方法，在1歲左右進行根治術。其適應症是不適合一期根治術的疾病，如全身狀況差、營養不良的病例。造瘻後，注意保護口周圍皮膚清潔乾燥，臥位舒適，保溫，精心飼養。
②近年來，新生兒期採用一期根治術，效果良好。手術前準備兩週。包括清洗腸道，要求清洗到腹部柔軟，糾正營養不良，使用抗菌素。術後病兒臥位取仰臥蛙式位，保護肛門處的環鉗不被碰撞。待5-7天自然脫落。隨時清潔肛門，保持乾燥。
