尋找瘻口位置是診斷乙狀結腸膀胱瘻的關鍵。膀胱鏡對了解膀胱腔內病變和膀胱瘻口的位置具有重要價值，對疾病的診斷率約爲67%，可見膀胱內漂浮的糞渣、粘膜局部紅斑樣變化、膿苔附着等，甚至可以直接發現瘻口。膀胱造影和IUP檢測意義不大。
腸腔瘻口主要通過鋇劑灌腸和結腸鏡檢查確定，鋇劑灌腸由於腸腔的高適應性、瘻口狹窄和瘻管內分泌物的堵塞，鋇劑難以進入膀胱的結腸鏡直視觀察瘻口，瘻口紅腫、增生、糜爛、大量滲出物，直接觀察瘻口
超聲波、CT可以全面檢查膀胱乙狀結腸和瘻管，但CT更準確。文獻報道CT診斷的準確率爲60%-100%，CT診斷膀胱腸瘻特有的徵兆是膀胱內有氣體影，但必須排除泌尿系產氣桿菌的存在和醫源產氣。此外，CT還可以判斷病因。
