空腸彎曲菌腸炎潛伏期1~10天，平均5天，食物中毒型潛伏期僅20小時。早期有頭痛、發燒、肌肉痠痛等前驅症狀，隨後出現拉肚子、噁心嘔吐，突發者開始發燒、拉肚子。
發熱患者約佔56.3~60%，一般低至中度發熱，體溫38℃左右，個別高熱達40℃，全身不適，兒童高熱伴痙攣。腹痛、腹瀉是最常見的症狀，表現爲整個腹部或右下腹痙攣性絞痛，劇者如急腹症，但罕見的反跳痛，腹瀉佔91.9%。
一般最初是水樣稀薄的便，然後是粘液和膿血粘液的便，明顯的血便，腹瀉次數多爲4~5次，頻率達到20次以上，病變累及直腸和乙狀結腸者，內急後重，多在1周內自我治癒。輕者24小時治癒，與病毒性胃腸炎難以區別的20%患者病情延伸，間歇性腹瀉持續2~3周，治癒後復發或變重。
