有時候出現骨囊腫時並沒有太多特殊症狀。只會有在發生病理性骨折時，會發現骨囊腫的存在，所以在有很多情況下，出現的骨質上面的病症也會和骨囊腫有相似情況，這時候就需要區別診斷。
1、骨鉅細胞瘤經常會發生在骨筋端較爲突出的一側，呈現出均勻性的骨破壞或者是肥皂泡沫樣的陰影。這種情況多會發生在成年人身上。
2、單發性的內生軟骨瘤，通過x線檢查可以查看到腫瘤內中有很多的斑點以及鈣化的陰影。這種軟骨瘤通常會和骨囊腫有所區別，它們所呈現的情況有所不同。
3、單發性的纖維異常增殖症。這種情況會發生在兒童中年以及男女相近，病理部位通常會在膽骨，股骨，肋骨中較爲常見，在位於幹骺端或者是骨幹的位置，局部會出現輕微的腫脹和疼痛感，病變的我會會出現變形，通常會有病理性的骨折。
4、用x線檢查骨質會發現有侷限的破壞，並且呈現了磨砂玻璃樣。骨質會有稍微的膨脹，病理表現出的症狀多爲硬韌，灰白色，切開時會有砂粒樣的物質。
