女性在出現陰壁囊腫時，通常會有其他的陰道疾病相混淆，而且在進行診斷時，有可能會受其他因素的干擾，這個時候需要對陰壁囊腫進行鑑別診斷。
1、囊腫會突出在陰道口或者是陰脣之間。雖然會同膀胱一樣膨出，但是在排尿之後囊腫就會縮小，或者是在用金屬導尿管插入，同時可以用手指擠捏囊腫的基底部，就會感覺到導尿管和囊腫是有一定距離。
2、陰道後的穹隆囊腫和子宮直腸窩疝需要進行鑑別，後者是在咳嗽時由增大現象或者是用手指上推時會有縮小甚至是消失的情況。但是陰道囊腫沒有這些變化。
3、前陰道筆下的1/2處囊腫需要和尿道憩室以及尿道腺腫瘤進行鑑別。後者雖然能夠形成陰道膨隆，但是會和尿道相通，再用手向前壓迫時，就會感覺到有尿液或者是膿液從尿道中流出。
4、在陰道後壁處的處女膜處小囊腫，需要和雙子宮以及雙陰道畸形進行鑑別。這種情況是比較罕見，雖然患者有月經，但是痛經的情況會逐漸加重，而且在形成陰道一側囊腫張力比較大，常見紫色。
