一般沒有胃腸道息肉最好的治療方法這種說法。近年來，由於內鏡治療學技術快速發展，內鏡下息肉治療有許多方法：
1、高頻電凝圈套切除法：主要用於有蒂息肉。
2、高頻電凝灼除法：主要用於多發半球狀小息肉。
3、活檢鉗除法：主要用於單發或少數球狀小息肉，簡便易行，又可取活組織病理檢查。
4、激光氣化法：氬氣刀和微波透熱法；適用於無需留組織學標本者。
5、粘膜剝離鉗除法：主要用於扁平息肉或早期癌患者。
6、“密接”摘除：主要用於長蒂大息肉，難以懸於腸腔者採用大息肉密接腸壁電凝切除法。
7、光動力療法：主要用於多發性息肉的治療。
8、內鏡、外科手術聯合治療法：主要用於息肉病患者，即將息肉稀疏區以手術切除，這樣既可達到治療目的，又可維持大腸正常功能。
