一般情況下，腸鏡包括大腸鏡、小腸鏡和十二指腸鏡，不能比較哪一種好，每種腸鏡檢查都有各種的適應症。具體分析如下：
大腸鏡主要進行直腸和結腸的檢查，經驗豐富的醫生能夠觀察到迴盲瓣進和迴腸末端。對於診斷大腸息肉、結腸癌、直腸癌、潰瘍性結腸炎病變有一定幫助。小腸鏡主要用於小腸病變的檢查，有推進式電子小腸鏡和雙氣囊電子小腸鏡兩種。推進式小腸鏡可以觀察十二指腸降部到空腸近端1/2，雙氣囊小腸鏡可檢查全部空腸和迴腸。十二指腸鏡用於十二指腸、膽總管和胰腺病變的檢查和診斷。
