卵巢囊腫有生理性和病理性之分，生理性的一般可以自行消失，不用進行治療。病理性的常見於卵巢巧克力囊腫，惡變率是很低的，通過手術治療一般都能治癒。卵巢囊腫的早期表現不會很明顯，因爲囊腫很小。如果腫瘤繼續擴大，可能會出現腹痛、腹脹、氣促、心慌等症狀。
一般實性卵巢囊腫易惡變，卵巢囊腫惡變時會有腹水，B超可看到血流信號，這時要高度懷疑是卵巢腫瘤惡變，需要進一步做腫瘤指標檢查，同時結合臨牀症狀檢查來診斷。如果是小的卵巢囊腫要遵醫囑定期複查，觀察卵巢囊腫的變化，每隔半年到一年做B超複查一次，對於體積較大的卵巢囊腫，或出現扭轉引起女性下腹部疼痛時，一般可通過手術切除，通常預後良好。
