色素痣可以通過外科手術、冷凍治療、激光手術等方式祛除。
1.外科手術：利用外科手術徹底切除病變組織。小痣切除後，通常可直接縫合，不能直接縫合時，則在痣中央分次切除，直至病變組織完全清除，手術後根據病變色素痣的部位與大小，在醫生的指導下用局部皮瓣，轉移皮瓣或植皮法覆蓋處理創面。
2.冷凍治療：臨牀上常用液氮冷凍法。利用液氮不易爆、不易燃、沸點低等特點，對病變組織處以極短時間(約30～60秒)冷凍，幾分鐘就可解凍。一般色素痣冷凍一次就可痊癒，色素痣厚大的要多次冷凍纔可痊癒。
3.激光手術：可在數分鐘至數十分鐘內無需麻醉完成一次治療，2～3個月後進行下一次治療。治療過程中，患者需注意保護眼睛，以免被激光傷害。
除以上相對常見方式外，還可以採取其他手術方式，如微晶磨皮手術。建議患者前往正規醫院進行手術，在術後可以在醫生的指導下使用五妙水仙膏、維A酸乳膏點塗，加快皮膚修復。
