規範操作，做普通胃鏡不會有明顯疼痛感，但患者相對較痛苦。
胃鏡檢查時，會將直徑約一釐米的細長管子，從口腔中深入食道、胃部、十二指腸，醫生在另一端觀察上消化道各個部位健康狀況。普通胃鏡不使用麻醉劑，患者在做胃鏡檢查時感覺特別直觀。從口腔進入咽喉時，被檢查者會感覺異物穿入咽喉，可能有噁心想吐的感覺。當胃鏡從咽喉部進入賁門時，會感覺異物進入食道，有撕肉感，患者比較痛苦。在做胃鏡時，需要通過導管向胃內充氣，暴露胃壁，患者需持續張嘴，不停流口水，也會感覺比較痛苦。但這些操作疼痛感並不是特別明顯。
如醫生經驗不足，操作不當，可能會損傷食管、胃粘膜，引起疼痛感。
如心理壓力大或對疼痛比較敏感時，可以選擇無痛胃鏡，做胃鏡前應用麻藥減輕痛苦。
