房間隔缺損發生的原因，首先有可能是遺傳因素誘發的，尤其是染色體易位以及畸形三體綜合症等等；其次，有可能跟環境因素有很大的關係，比如宮內感染、宮內缺氧以及藥物感染等；最後，還有可能跟其他因素，比如男女之間的差別。
現實生活之中，由於很多原因的出現，導致了一些孩子出現了房間隔缺損這種不良症狀，繼而給孩子的健康帶來了很大的傷害，也給家長帶來了嚴重的精神困擾。那麼，房間隔缺損這種不良症狀的出現，究竟是什麼原因？
1、原發孔型房間隔缺損
這又稱部分心內膜墊缺損或房室管畸形，在胚胎髮育過程中心內膜墊發育缺陷所誘發的，形成一個半月形的大型房間隔缺損位，在冠狀靜脈竇的前下方缺損下緣鄰近二尖瓣環常伴有二尖瓣裂。
2、繼發孔型房間隔缺損
由於正常左右心房之間存在着壓力階差左房的氧合血經缺損分流至右房體循環血流量減少，可引起患兒發育遲緩，體力活動受到一定限制，部分患者亦可無明顯症狀，氧合血進入肺循環後，可引起肺小血管內膜增生，及中層肥厚等病變，導致肺動脈壓及肺血管阻力升高，但其進程較緩慢多出現在成人患者。
3、遺傳因素
約15%與遺傳有關，特別是染色體易位與畸變三體綜合徵；多數的先天性心臟病是由多個基因與環境因素相互作用所形成。
4、環境因素
一些環境因素，比如宮內感染以及放射線接觸，此外，還有代謝紊亂性疾病也是一個因素。此外，宮內缺氧以及藥物感染也是一種誘因。妊娠前三個月患病毒或細菌感染，尤其是風疹病毒，其次是柯薩奇病毒，其出生的嬰兒先天性心臟病的發病率較高。
5、其他因素
有些先天性心臟病患者在高原地區發生的機率高一些，有些先天性心臟病患者男女性別間發病差異明顯，這種情況足以說明，患者出生地的海拔高度以及性別這些因素都跟房間隔缺損有很大的關係。而在衆多先天性心臟病患者中，開查到病因的僅僅只是極少數。
