內分泌失調：如黃體功能不全、甲狀腺功能亢進或減退、糖尿病、高雄激素血癥、高泌乳血癥等。
免疫因素：生殖免疫問題，母體內存在抗子宮內膜抗體、抗精子抗體等;自身免疫疾病：系統性紅斑狼瘡、混合性結締組織病等。
子宮異常：子宮畸形、宮腔粘連、子宮肌瘤等。
染色體問題：16三體、21三體、13三體、18三體等;高齡孕婦卵子老化及精液異常均可導致染色體異常。
生殖道感染：TORCH感染可引起胚胎死亡或流產，較輕度感染可以引起胚胎畸形。
環境因素：X射線、微波、噪音、超聲、高溫等物理因素，以及重金屬等影響受精卵着牀或直接損害胚胎而導致流產;各類化學藥物，如二澳氯丙烷、二硫化碳、麻醉氣體、 糖尿病藥等可干擾、損害生殖功能，致胚胎流產、死胎、畸形、發育遲緩及功能障礙等。
不良生活習慣：如吸菸、酗酒、咖啡、毒品、某些藥物等均影響早期胚胎髮育。
