小陰莖通過藥物、手術等方法予以治療，可以治好小陰莖。治療目的是恢復陰莖正常長度，滿足患者正常生理功能，進而達到改善生育能力。
1、藥物治療
藥物治療又被稱內分泌治療，主要通過口服、肌肉注射、皮下注射、局部應用等方式促使患者促進腺激素分泌逐漸趨於正常，改善性功能減退、糾正性腺功能異常等症狀。藥物治療應用較爲廣泛，一般以多種方法聯合治療爲主。
2、手術治療
手術治療主要適合於青春期後仍然存在陰莖短小者，主要方法爲陰莖延長手術，通過陰莖再造成形術、陰莖假體放置、外陰整形術等方法促使陰莖短小從外觀上得以改善，正常功能不受影響。手術治療預後良好，但是具體手術效果還要根據患者實際病情及選擇診治醫院而定。
