早期食道癌的鑑別診斷，首先應考慮下列幾種常見食管疾病作鑑別診斷，以免誤診。
（1)早期食管靜脈曲張。食管下1/3段早期食道癌，應與此病作鑑別診斷。X線表現：食管靜脈曲張，鋇劑充盈時，食管邊緣凹凸不規則，食管黏膜皺襞失去其縱行條狀排列，形成皁泡狀或蛇皮樣改變。食管鋇劑流速減慢，局部鋇劑滯留，但食管舒張度尚好。
（2)良性腫瘤。食管良性腫瘤較爲少見，常見的良性腫瘤爲平滑肌瘤。X線表現：主要爲邊緣光滑的充盈缺損，黏膜完整，舒張度無明顯改變，有時可出現黏膜擠壓現象。
(3)食管小憩室。食管憩室，常見爲牽引性憩室，多見於食管中1/3段，主要由於氣管分叉淋巴結感染，炎症癒合，與食管恢痕收縮引起。X線表現：往往在食管中1/3段，呈小幕狀或小圓形突出，基底部較寬排空尚容易，黏膜完整。
(4)食管炎。食管炎主要由於外傷性或炎症感染，其次黴菌病，近年來報道亦頗多。
X線表現：食管較爲廣泛的黏膜皺劈中斷，潰瘍形成。食管由於炎症引起激惹，常出現第三蠕動波，嚴重時可出現假性充盈缺損以至食管管腔狹窄。與早期食道癌尚難鑑別，應仔細詢問病史，必要時應做內鏡檢查。
(5)肺門及縱隔障鈣化淋巴結節。肺門及縱隔鈣化淋巴結節，在進行造影時往往容易重疊於食管黏膜面，類似小龕影，因此造影時，常規應做胸部檢查，瞭解肺門及縱隔障是否有腫大淋巴結節或鈣化病竈，重直疊或外壓食管，而引起誤診。
(6)食管內氣泡。在進行食管黏膜造影時，往往由於患者吞嚥氣體，氣泡在黏膜面形成小的負影，類似小的無效缺損，但氣泡形成假性充盈缺損系一時性，再次檢查時則不見，鑑別診斷較爲容易。
