小陰莖根據病變範圍、誘因不同，可分爲：低促性腺激素性性腺功能減退症、高促性腺激素性性腺功能減退症、雄激素抵抗綜合徵、特發性小陰莖。
1、低促性腺激素性性腺功能減退症
病變範圍主要位於下丘腦、腦垂體，主要是由於先天性促性腺釋放激素分子結構異常、缺乏、神經元缺陷或精神刺激、劇烈運動時間過長引起的後天性促性腺激素缺乏等原因所致。
2、高促性腺激素性性腺功能減退症
病變部位位於睾丸內。主要是由於睾丸發育不良、損傷所致，常伴有垂體FSH、LH水平升高。
3、雄激素抵抗綜合徵
主要原因爲：原酶缺乏、雄激素受體異常，病變部位較廣泛。
4、特發性小陰莖
發病原因不明確，一般認爲與下丘腦、垂體、睾丸結構功能以及異常有關。主要發病於兒童人羣，青春期後發育基本正常。
