骨囊腫受先天因素的影響。骨髓腔內靜脈阻滯、外傷出血、骨質部位感染等後天因素，也會誘發骨囊腫。
1、先天性發育異常所致
在胚胎期發育不良，讓少量具有分泌功能的滑膜細胞進入骨內，導致液體聚集，常會引發骨囊腫。
2、骨髓腔內靜脈阻滯所致
當骨髓腔內的靜脈阻滯時，血液循環不暢通，會導致髓腔內壓力增高，常會出現液體滯留，這時就會引起骨囊腫。
3、外傷出血所致
當外傷導致出血時，常會形成侷限性包裹，引起纖維化，導致局部吸收骨化，慢慢就會出現骨囊腫。
4、骨質部位感染所致
患有炎性感染性疾病時，尤其是血源性感染疾病時，病菌會在骨組織部位生長繁殖，治療不及時，正常細胞包裹被殺死後，也會引起局部骨囊腫。
