肛門常有短時間陣發性鈍痛，或疼痛持續數小時，是肛竇炎的臨牀症狀常見的表現。肛竇炎又稱肛隱窩炎，常是肛管直腸部位感染性疾病的發源病竈，因症狀不重，易被忽視。臨牀中還要注意鑑別診斷。
1、肛裂：肛裂以肛門週期性疼痛、便祕、大便帶血爲主症。其疼痛程度較肛隱窩炎重，疼痛時間亦較長。
2、肛周膿腫：是肛隱窩炎進一步發展的結果，主要表現爲肛周疼痛，逐漸加重，釀膿時呈雞啄樣痛，伴惡寒發熱等症，血常規檢查白細胞明顯增多，中性粒細胞亦升高。
3、肛門疼痛：肛門疼痛是多種肛門直腸疾病的臨牀表現。不同性質的疼痛，反映出不同的疾病特點。
4、血栓外痔：血栓外痔血栓外痔是臨牀多發病，常因過食辛辣刺激食物，大便臨廁努掙，肛周皮下靜脈破裂，血液淤積皮下而成。臨牀常以患者自覺肛門腫脹、疼痛有異物感爲主症，檢查可見肛周或肛管皮下有葡萄狀暗紫色腫物，有時伴表面輕度糜爛出血。
5、肛管炎：肛管炎是長期的糞便刺激和不良的排便習慣引起的，其主要症狀是持續性跳動疼痛、肛門瘙癢墜漲、排便異常等。持續性跳動性疼痛，許多患者當排便時，因大便刺激肛管而導致持續性疼痛，令患者行動不便，坐臥不安。
