多囊腎出血可以針對病因治療、臥牀休息、透析、輸血進行治療。
1、針對病因治療：有出血的多囊腎患者應積極尋找出血原因，如囊腫增大，高血壓、尿路結石等，並積極進行治療。
2、臥牀休息：提示多囊腎患者發生輕度出血常可無症狀或僅有腹痛，當出血的腎囊與尿道不相通時，則表現爲劇烈疼痛。多囊腎患者應臥牀休息，並進行止痛治療，多數出血在48小時至1周內可自行停止，一般不採用止血藥進行治療，止血藥物效果較差甚至會形成血塊，導致尿路感染。
3、透析、輸血：已經進行血液透析的患者若大量出血，出現反覆血尿，可給予增加透析次數，嚴格控制抗凝劑的用量，儘量選擇用半衰期小分子肝素，極少數出血量較大的患者需要輸血治療。
