腦垂體核磁共振可以檢查垂體的結構是否存在異常，診斷內分泌疾病；進行手術治療時，通過這項檢查可以明確蝶竇形態的相關情況，判斷能否做手術。
腦垂體是人體最爲重要的內分泌器官之一，如果垂體的形態結構出現問題，或者患上垂體腫瘤，會造成激素分泌異常。如果分泌量過多，很容易誘發巨人症、泌乳症、柯興綜合徵等疾病；若是垂體引起激素分泌不足，等會造成垂體性侏儒症、尿崩症、性功能障礙等疾病。腦垂體核磁共振檢查能夠及時發現和診斷上述疾病，從而達到儘早治療的目的，避免病情持續發展。
如果需要在垂體部位進行手術治療，通過垂體核磁共振檢查可以明確蝶竇形態，也可以明確周圍神經和血管侵襲的關係，據此來判斷是否能採取手術療法。如果腦垂體異常合併腦組織其他病變，比如腦梗死、腦出血等，也可以進行腦垂體核磁共振檢查。
