藿香正氣水因其內含有將近60%的酒精，所以很多人喝完藿香正氣水以後因對酒精過敏，會出現過敏性的皮疹、過敏性休克、過敏性紫癜以及心動過速等不良反應，所以對於出現這種現象的人不允許喝藿香正氣水。
另外，藿香正氣水還有很多中藥成分，像有些慢性病對這些中藥成分敏感性比較強，像高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病的人羣也不適合喝。還有酒精含量很高而且藥效也比較猛，像老人、孕婦、兒童體質比較弱，當患有胃腸型感冒的時候，建議也要慎用藿香正氣水。
