嬰幼兒急性上呼吸道感染經過治療一般能很快痊癒，但也有些患兒病情較嚴重，沒有及時治療可受到各種併發症危害，如肺炎、心包炎、風溼熱等。
1、局部器官組織受牽連：病原體可從鼻咽部蔓延感染局部器官，引起急性中耳炎、鼻竇炎、結膜炎、口腔炎、喉炎、頸淋巴結炎等併發症，也可能引起扁桃體周圍膿腫、咽後壁膿腫、扁桃體周圍膿腫、頜骨炎、支氣管肺炎，從而引起局部疼痛等不適症狀。
2、感染可播散到全身：患兒體內病原可通過血液循環播散到全身，細菌感染併發敗血症時，可引起心包炎、腦膜炎等化膿性病竈，患兒往往同時伴隨反覆發燒症狀。
3、可能誘發變態反應性疾病：感染可導致身體產生變態反應，引發風溼熱、類風溼病等疾病，而這些疾病治療難度較大。
