一般情況下，停經41天B超看不到孕囊，可能是自然流產、孕囊發育較晚、宮外孕、孕囊過小或位置不正常、妊娠黃體功能不全等原因引起的。具體分析如下：
1、自然流產：自然流產是這樣的，一般不足28個月，寶寶的體重不足1000克母親就會終止妊娠，早期流產是12周之前流產，晚期流產是12到28周這樣子會流產，自然流產的原因很多，主要的有母親的因素、環境因素等，母親的因素佔的比重比較大，如果母親的體質不好有可能發生自然流產，停經41天看不到孕囊可能是由於自然流產的緣故，因爲母親的身體比較弱，這樣可能是自然流產。
2、孕囊發育較晚：也就是俗話說的受孕晚，受孕晚可能是在排卵期快結束的時候才懷的孕。受孕晚會導致所懷的胎囊發育比較晚，所以做B超是看不到胎囊的，所以也不要太擔心。
3、宮外孕：做B超看不到胎囊有可能是因爲宮外孕的緣故，宮外孕就是男性的精子和受精卵結合後，受精卵沒有在子宮內着牀，在子宮外着牀，這就是宮外孕。主要原因是女性的輸卵管有炎症造成的，一般出現宮外孕都會有症狀的顯示，就是腹痛、陰道流血，所以這時候你做B超是看不到孕囊的，因爲孕囊沒有在宮裏，可以讓醫生通過醫學的手段確定孕囊的位置。
4、孕囊過小或位置不正常：孕囊在初期可能還很小，並且放置在超聲無法檢測到的角落。這可能導致B超檢查無法捕捉到孕囊的存在。此時，可能需要等待一段時間，或者使用其他檢查方法或重複B超檢查來確定孕囊的位置。
5、妊娠黃體功能不全：妊娠黃體功能不全是指黃體無法產生足夠的黃體酮來維持妊娠。這可能會導致週期的停經和孕囊形成的延遲。在這種情況下，可能需要進一步的血液激素檢查來評估黃體功能。
建議立即前往醫院就診，完善檢查並確定病因後，在醫生的指導下進行相應的治療。
