沙眼衣原體是非淋菌性尿道感染與非淋菌性宮頸炎症的關鍵病原菌，近些年沙眼衣原體感染造成的這二種病症發生率明顯升高，特別是在在性活躍性的青年人女性中患病率高些。長期性不斷感染還能夠造成盆腔炎，乃至拓展高於一切腹腔造成急腹症。生殖系統沙眼衣原體感染醫治不完全，雖可臨時無一切病症，但沙眼衣原體可掩藏在宮頸管黏膜皺壁內，宮頸管存有沙眼衣原體的女性懷孕期間在懷孕和分娩全過程中可發生下列一些風險。
小產宮頸管沙眼衣原體呈陽性組小產率顯著高過呈陰性組，這與沙眼衣原體感染對試管胚胎的危害及存有子宮炎症相關。
早產兒、胎盤早剝它是因爲沙眼衣原體感染使推動宮縮的前列環素活性，加上因爲上行感染造成hcg炎羊膜炎使胎盤敏感而致。
低體重兒這與沙眼衣原體上行感染造成胎寶寶宮腔內感染或胎盤功能損傷相關。
衣原體性新生嬰兒角膜炎系經產門感染沙眼衣原體而致，最開始發生於出世後第5天，大部分發生於5—10天。
衣原體性嬰兒肺炎超過生完孩子30天之後發生。因爲醫生對孕婦分娩狀況欠缺掌握導致逐漸時未挑選有效的用藥治療，導致醫治耽誤、現病史轉變。
針對性活躍性、好幾個性伴侶或曾發生過沙眼衣原體感染及高寬比異常存有沙眼衣原體感染的孕媽媽，爲防止懷孕全過程風險的發生，在懷孕前期即應逐漸病原菌查驗；爲避免 產門感染，孕媽媽應在孕婦分娩前，即36懷孕週數開展衣原體抗原查驗，陽性者行抗原體查驗。對抗原體陽性者於孕婦分娩前2周開展用藥治療。
