變應性鼻炎主要有兩個原因，一個是遺傳，另一個是應變源的刺激。具體病因如下。
1、在遺傳方面，有異常反應的家族史的人很容易患上這種疾病。大多數患者的家庭都有哮喘、蕁麻疹或藥物過敏史。研究發現，某些基因與變應性鼻炎有關。過去，患者被稱爲特應性個體，其體內產生免疫球蛋白E（IgE）能力高於正常人。但近年來，一些醫學家發現雙胞胎的發病率與普通人沒有顯著差異。
二、能刺激人體產生IgE抗體的抗原物質稱爲變應原。變應原物質再次進入鼻粘膜，並與相應的抗原物質相對應IgE變態反應是由組合引起的。它們主要來自動物、植物、昆蟲、真菌或專業物質。變應原主要分爲吸入性變應原和食物性變應原。吸入性變應原是變應性鼻炎的主要原因。
1.吸入性變應原
(1)花粉:並非所有植物花粉都能引起疾病。只有花粉量大、植被面積廣、變應原性強、藉助風傳播的花粉才最有可能成爲變應原。由於植被品種的不同，不同地區的花粉也不同。例如，北歐以樺樹和梯牧草爲主，北美以豚草爲主，日本以杉樹花粉爲主。我國幅員廣闊，各地區致敏花粉不盡一致，北方地區以野生蒿類花粉爲主，不過在大江南北均發現豚草，應引起重視。近年來，有人認爲，隨着工業化的不斷髮展，空氣中二氧化硫等有害物質濃度的增加可以改變懸浮在空氣中的花粉表面的蛋白質結構，使原本沒有變應原性的花粉具有較強的變應原性。這可能是發病率顯著上升的主要原因之一。空氣中花粉的種類和含量明顯季節性，春夏秋是花粉傳播的高峯。
（2）真菌：在自然界分佈極廣，主要存在於土壤和腐敗的有機物中。菌絲和孢子都有變應原性，但孢子強。孢子可以通過風廣泛傳播，有時空氣量高於花粉，農村地區高於城市。最常見的真菌類型是單孢枝黴菌、交鏈孢黴菌、青黴菌、麴黴菌和酵母菌。單孢枝黴和交鏈孢黴具有明顯的季節性，其孢子在空氣中的數量高峯多在夏季。室內高溫、暗溼有利於真菌生長。室內觀賞花盆中的土壤往往成爲真菌生長的好地方。
(3)房屋塵蟎:屬於節肢動物門蜘蛛綱。成蟲大小一般爲3000。μm～500μm。它主要寄生在臥室的每個角落，其中牀墊、枕頭、沙發墊和其他地方的灰塵最多。蟎蟲的糞便、卵子、頭皮屑和破碎的肢體都可以成爲一個變應原。
(4)動物皮屑:動物皮屑是最強的變應原之一。如果易感個體長期接觸相關動物，可能會過敏。即使是少量的頭皮屑也會刺激鼻部症狀。引起呼吸道異常反應的動物頭皮屑主要來自與人接觸密切的動物，如家養寵物（觀賞狗、貓）、家牧狗、牛、馬和羊等。作者遇到了一位病理實驗技師，每次接觸實驗動物豚鼠時都會打噴嚏，然後大量清鼻涕和輕度哮喘。
(5)羽毛:家禽或牀上用品、枕頭和衣服中的羽毛，家養觀賞鳥脫落的羽毛，都可以變應原。
（6）室內灰塵：常年性鼻炎的常見原料之一。其組成相當複雜，是各種物質的大雜燴，包括動物、植物和化學物質。
2.食入性變應原
食入性變應原是指由消化道進入人體引起鼻部症狀的變應原物質。當變應性鼻炎不伴有其他系統症狀時，食物變態反應是罕見的。它對鼻粘膜的作用非常複雜，目前還不清楚。牛奶、雞蛋、魚和蝦、肉、水果甚至蔬菜都可以成爲變應原。
