假膜性腸炎治療的目標是消除細菌、消除或減弱細菌毒素的作用，幫助腸道正常菌羣，改善全身和腹部消化道的症狀。具體治療方法如下:
一、病因治療
非常重要，臨牀藥物要嚴格把握適應證，大量使用廣譜抗生素要嚴格觀察消化道的變化。懷疑本病或明確診斷應立即停止使用的抗生素。停用抗生素有利於腸道其他細菌，特別是需要氧菌的生長，抑制厭氧菌的生長，恢復正常的腸道環境。
二、抗生素的應用
在大便培養和藥物敏感實驗得出結果之前，應立即改用抗生素，可以使用目標強的狹譜抗生素。
三、支持正常菌羣
梭狀芽胞桿菌腸道定植阻力的喪失是假膜性腸炎病理的重要因素，理論上可以用重建正常菌羣的方法治療。
1、藥物治療:乳酶生、維生素c、葉酸、複合維生素b、維生素b12、穀氨酸等促進腸內球菌正常菌羣繁殖的乳糖、蜂蜜、麥芽糖等促進腸桿菌繁殖。
2、健康人糞用:健康人腸含有正常菌羣糞爲供體，糞灌腸方式治療假膜性腸炎可取得良好效果。
四、對症和全身支持治療
1、抗震和抗毒血癥治療:補充血容，給予全血、血漿或白蛋白，提高抵抗力和抗震能力。對毒血癥的治療可以在短期內應用。腎上腺皮質激素有助於減輕毒血癥，糾正休克。但是，不需要大量的劑量，長期使用。血壓低可以使用多巴胺、間羥胺等血管活性藥物。
2.糾正水電解質紊亂和酸鹼平衡失調:腹瀉可引起脫水，一般爲等滲透性脫水，應根據生化檢查和尿量補充失去的水和鉀、鈉鹽。用鹼性藥物糾正酸中毒。單純用靜脈補充液體往往很難補充血容，如果腸道還有正常粘膜可以吸收水分，可以通過口服渠道補充葡萄糖鹽水，葡萄糖在被吸收的同時作爲載體吸收鈉離子，有利於補充鈉的丟失和酸鹼平衡的恢復。
3、腸外營養(PN):本病嚴重腹瀉，病程影響飲食，病程長，容易引起氮的負平衡。因此，PN治療可以增強機體抗病能力，加快組織修復。
4、治療基礎疾病:治療過程中要注意治療基礎疾病，糾正心力衰竭，改善肝功能等。
五、手術治療
在非手術積極治療下，病程無改善，懷疑腸壞死、腸穿孔或發生中毒性巨結腸的，可在糾正酸中毒、補血容量的同時積極手術探索。
