尖銳溼疣經治療後複發率高達40%，目前尚無一種滿意的療法阻止其復發。一般認爲，其復發原因如下：
(1)尖銳溼疣侵犯人體後，常表現爲三種臨牀類型：一種是肉眼可見的疣體；另一種爲肉眼不能見到，只能在顯微鏡下才能見到有病變的亞臨牀表現；還有一種是未出現病變，但組織表面攜帶病毒，只能用分子雜交技術如多聚酶鏈方法才能測出病毒。臨牀治療時，通常只切除肉眼能見的那部分疣體，而肉眼見不到的疣體術後可繼續增大。
(2)尖銳溼疣病變過程主要發生在上皮組織內，病毒也侷限於上皮組織內，人體皮膚黏膜的免疫系統存在於上皮下的真皮層內，由於上皮組織的基底層的阻隔，真皮內免疫系統不能與表皮內人類乳頭瘤病毒顆粒接觸而建立起有效的免疫系統反應，因而使得不少尖銳溼疣久治不愈，這種情況同樣見於扁平疣和尋常疣。
(3)性伴侶沒有同時治療，通過性生活再感染。
(4)某些醫務人員醫學知識不豐富，醫療技術不成熟，方法不可靠，藥效不明顯。
(5)不少病人性關係長期混亂，生活不檢點。
