熬夜後腦勺疼會猝死的可能性較小，但熬夜是猝死的誘發因素之一。
如果熬夜後腦勺疼，同時伴有嘔吐和不同程度的意識障礙，如嗜睡或昏迷等，可考慮腦出血導致猝死。但有研究表面，因腦出血導致的猝死只佔猝死原因的20%，有70%的猝死原因爲心臟病，其中以心肌梗死最常見，10%爲肺栓塞，其他病因導致的猝死十分少見。
大多數熬夜後腦勺疼可能爲偏頭痛或緊張性頭痛。由於睡眠過少、精神持續處於高度緊張狀態、情緒不穩定等，可導致人的交感神經興奮，顱內血管收縮，或顱周肌肉或肌筋膜結構收縮缺血，導致偏頭痛或緊張性頭痛的發生。這類疼痛一般不伴意識障礙。在減輕壓力、穩定情緒、充分休息、必要時使用非甾體類抗炎藥如阿司匹林、對乙酰氨基酚等止痛治療後可好轉。
