難治性便祕嚴重影響了人們的健康，選擇正確的檢查方法很重要。
1.糞便常規和隱血，應爲常規檢查。
2.有關生化和代謝方面的檢查。如果臨牀表現提示症狀是由於炎症、腫瘤或其他系統性疾病所致，那麼需化驗血紅蛋白、血沉、有關生化檢查(例如甲狀腺功能、血鈣、血糖以及其他相關檢查)。
3.肛門直腸指檢，可以瞭解有無腫塊和肛門括約肌的功能。
4.結腸鏡檢查或鋇灌腸有助於確定有無器質性病因。特別是當近期出現大便習慣改變、便中帶血或其他報警症狀(如體重下降、發熱)時，建議全結腸檢查以明確是否存在器質性病變如結腸癌、炎症性腸病、結腸狹窄等。
5.胃腸傳輸試驗(GITT)對判斷有無慢傳輸很有幫助，常在48h和72h拍片。
6.排糞造影能動態觀察肛門直腸的解剖和功能變化。排糞造影可評估直腸排空速度及完全性、肛直角及會陰下降程度。此外，排糞造影可發現器質性病變如巨大的直腸突出、直腸黏膜脫垂或套疊等。
7.肛門直腸測壓能檢查肛門直腸功能有無障礙。
8.24h結腸壓力監測，對是否手術有一定的指導意義。如缺乏特異的推進性收縮波(SPPW)以及結腸對醒來和進餐缺乏反應，均表明爲結腸無力，可考慮手術切除。
9.肛門測壓結合超聲內鏡檢查，能顯示肛門括約肌有無力學上的缺失和解剖上的缺損，可爲手術提供線索。
10.應用會陰神經潛伏期或肌電圖檢查，能分辨便祕是肌源性或是神經源性。
11.其他對伴有明顯焦慮和抑鬱的患者，應作有關的調查，並判斷和便祕的因果關係。
