陰莖外觀短小的人絕大多數都伴有包皮過長或包莖，隱匿陰莖就是其中一種情況。隱匿陰莖指原本正常的陰莖被埋藏於皮下，外觀陰莖短小，包皮似一鳥嘴包住陰莖，是陰莖肉膜發育異常導致的先天性外生殖器的畸形，大多合併有包莖，也可伴有尿道下裂等畸形，本病臨牀並不少見，據流行病學調查發現隱匿陰莖在青少年陰莖畸形中的發病率爲0.68﹪，僅次於包莖和包皮過長。
引起隱匿陰莖的原因較多，新生兒和小兒的隱匿陰莖多由與陰莖肉膜發育異常所致，而年長兒童和青少年則是由於會陰皮下脂肪堆積過多引起的。
肉膜發育異常
目前多數學者認爲陰莖包皮肉膜層發育異常是主要原因，因爲陰莖皮膚沒有正常附着於深層筋膜，而是呈鬆弛狀態，致使陰莖隱匿與皮膚中，此外肉膜筋膜發育不良，失去彈性，進而會限制陰莖的伸展，可能也是引起本病的原因之一，這種情況被稱爲先天性埋藏陰莖。
包皮束縛
若施行常規的包皮環切術後併發包皮口狹窄，致使包皮外板過短，也可形成隱匿陰莖，特稱爲後天性束縛性陰莖。
肥胖
肥胖青少年的下腹部脂肪堆積，使陰莖深藏於皮下也屬於隱匿陰莖，但其在發育成熟、脂肪組織減少後，陰莖可恢復正常狀態，這被稱爲伴有肥胖的隱匿陰莖，當然部分此類患者可有其他病因同時存在。
