幽門螺桿菌是一種能在胃酸的強酸環境中生存的細菌，能造成胃黏膜屏障的破壞。慢性萎縮性胃炎與這種細菌感染有密切的關係，感染幽門螺桿菌者更易發生慢性萎縮性胃炎，因此，對於合併幽門螺桿菌感染者，要根治這種細菌感染。慢性萎縮性胃炎患者應常規檢查HP，有的地方檢查血清中的HP抗體，有的地方檢查碳13呼氣試驗。如果合併有HP感染，應採用四聯療法根治HP，同時對症治療。在治療4周後複查碳13呼氣試驗。
慢性萎縮性胃炎合併腸上皮化生，目前經常稱之爲癌前病變，發生胃癌的可能性比非萎縮性胃炎不合並腸上皮化生的人要高一些。針對這類人羣，應該結合飲食，HP根治，及中藥綜合治療，儘可能使萎縮性胃炎轉爲非萎縮性胃炎，減少腸上皮化生的程度。
異型增生又名上皮內瘤變，是典型的癌前病變，分爲低級別上皮內瘤變與高級別上皮內瘤變。慢性萎縮性胃炎常合併腸化生，少數出現上皮內瘤變，經歷長期的演變後少數病例可發展爲胃癌；低級別上皮內瘤變大部分可逆轉而較少惡變爲胃癌。
胃是一個比較容易受傷的器官，如何有出血性疾病，或者用很多的大量的抗凝藥物，一旦出現胃黏膜的嚴重糜爛，可能容易出現大出血，而大出血是致命性的，所以，有嚴重出血傾向的慢性胃炎，也是高風險的類型。
