骨折微創手術的缺點，包括難以達到解剖復位、易出現併發症、手術費用高等。
骨折微創手術無法在直視狀態下進行復位，因此很難使骨折端達到解剖復位。若發生開放粉碎性骨折，骨折移位較爲明顯，不僅難以達到解剖復位，甚至連功能復位都存在問題。此時骨折對位對線不好，會影響正常癒合，出現延遲癒合、不癒合或畸形癒合等現象。
骨折微創手術造成的創傷較小，血供破壞較少，恢復速度較快。但部分骨折塊，尤其是粉碎性骨折塊無法完全復位，可造成骨折遊離。若骨質間隙較寬較大，癒合時間會明顯加長，甚至會因骨折部位感染，引起慢性骨髓炎。骨折端也會出現骨痂明顯生長的現象，導致骨折部位明顯腫大，並伴有局部結節形成。
骨折微創手術需應用各種大型設備，包括C型臂、X線透視機、骨科專用器械等，成本較高，所以手術的費用會相應增加。
