無精子症是最難治的不育症之一，常給患者帶來巨大的身心痛苦，因此疾病的治療十分重要，而明確診斷是進行治療的前提。
在診斷無精症時，首先要區分梗阻與否，醫師應詳細的病史詢問，進行相關體格檢查以及輔助檢查(如精液參數、精漿生化、血性激素檢測、B超以及染色體檢測等等)，綜合以上因素後作出初步診斷。
如患者有明確的生殖道感染史，體檢在輸精管陰囊段或附睾尾部觸及結節，精漿中性α-葡萄糖苷酶降低可初步診斷爲梗阻性無精子症;如精液量少、精液不凝固、PH值低於7.0，結合精漿果糖陰性可基本診斷爲射精管梗阻;生殖系統和經直腸超聲則可明確輸精管及精囊有無缺如;而精液脫落細胞檢查發現生精細胞則可基本排除梗阻因素。
同時，還可通過過附睾、睾丸穿刺和睾丸活檢最終確診患者是否爲梗阻性無精症。如附睾穿刺找到大量精子，則可確診爲梗阻性無精子症;如穿刺未找到精子，則需要進一步行切取睾丸組織進行活檢;如在活檢組織中找到的精子數量較少，顯微鏡每10個高倍視野下只找到1～2條精子，則可初步認爲生精功能低下，需結合活檢病理進行診斷。
