慢性甲溝炎患者則需要給予抗真菌藥物(首選唑類藥物)或抗菌藥物治療，一直持續到炎症消退、甲小皮重建並粘附在甲板上爲止，一般需3個月以上。急性甲溝炎需及時進行有效治療，才能防止甲牀損傷的出現，如短期內症狀不能緩解，還需要進行外科治療。
一般來講，急性甲溝炎可主要通過抗菌譜能覆蓋需氧菌和厭氧菌的廣譜抗菌藥物治療，如阿莫西林、克拉維酸等，但如果藥物治療48小時後未能改善症狀者，則需要進行外科治療。此外，對於反覆出現急性加重的患者，則可採取皮損內或系統應用糖皮質激素聯合系統抗菌藥物治療1周，觀察療效在決定是否進行外科治療。
屬於淺表感染且部位侷限的急性甲溝炎患者，需進行患甲切開引流。若感染較深，則需要在局部麻醉下，將甲板近端1/3掀起並在近端甲皺襞下放置引流條來引流分泌物。而由嵌甲繼發的慢性甲溝炎患者的外科治療，只需將甲板拔除即可。
對於常規治療失敗的甲溝炎患者，也可在正規醫院進行外科治療或低劑量淺表放射治療。
