腸結核後遺症之一是腸梗阻，一般是慢性進行性腸梗阻，少數可發展成完全性腸梗阻。還包括腸穿孔，以慢性腸穿孔和亞急性腸穿孔爲主。此外，部分患者還會有腹膜炎後遺症。
1、腸梗阻
潰瘍性腸結核由相鄰的腹膜粘連引起常彎曲被拉動、抑制和壓迫，也可能由於腸道潰瘍癒合引起的瘢痕收縮或阻塞引起腸道狹窄，進而引發腸梗阻。一般是慢性進行性腸梗阻，輕重程度不一，少數可發展成完全性腸梗阻。
2、腸穿孔
腸穿孔發病率僅次於腸梗阻，一般是慢性腸穿孔和亞急性腸穿孔，其中亞急性腸穿孔最爲多見。腸穿孔發生後，腹腔內會形成囊腫，囊腫一旦潰破，易引發腸瘻。
3、腹膜炎
部分腸結核患者還會出現腹膜炎，從而導致嚴重的全身中毒反應和血壓下降。若沒有及時進行治療，患者會因鼻中毒性休克而死亡。
