畸胎瘤一旦確診，必須爭取早期手術切除，以避免良性畸胎瘤因耽擱手術而導致腫瘤惡變，同時可預防腫瘤感染、破裂、出血及併發症的發生。畸胎瘤的手術要點是完整地切除腫瘤，卵巢和睾丸腫瘤均作一側卵巢或睾丸切除，骶尾部畸胎瘤強調務必將尾骨一併切除，以免殘留多能細胞而導致腫瘤復發。
惡性畸胎瘤有生命危險嗎
畸胎瘤的預後與初診年齡、腫瘤部位、惡變發生率、治療結果等因素密切相關。初診年齡越小，惡性發生率越低，其中隱型畸胎瘤惡性率最高，達百分之七十一點四;混合型爲百分之四十六點七，顯型僅爲百分之九點四。
完整切除腫瘤、減少術後復發和惡變是畸胎瘤的另一主要預後因素，即使是惡性畸胎瘤，完成手術切除仍是長期生存的基本保證。目前惡性畸胎瘤完整切除後綜合治療的三年生存率可達百分之五十，五年生存率百分之三十五，而術中殘留或復發者的生存率僅百分之三。其中睾丸、卵巢等容易完整切除部位的惡性畸胎瘤生存率明顯高於腹膜後和骶尾部惡性畸胎瘤，其中尤以隱型骶尾部惡性畸胎瘤的預後最差，生存率僅百分之八。
惡性畸胎瘤巨大或廣泛浸潤、臨牀判斷不能切除者，可應用術前化療或放療，使腫瘤縮小後再予延期根治手術，對提高手術切除率、保留重要臟器有積極意義。對晚期病例，應用術前化療或放療也可達到解除腫瘤壓迫、控制轉移竈和爭取再次手術機會的治療目的。
