許多疾病在醫學是上不可能或者是很難完全治癒的，乙型肝炎就是這樣一種疾病。因此，醫學上就出現了一個詞：臨牀治癒(Clinical cure)。
在上個世紀，還沒有乙型肝炎抗病毒藥物的時候，對於因乙型肝炎而住院的患者，只要臨牀症狀消失，肝功能恢復正常，在出院的病歷首頁上我們醫生就會在“臨牀治癒”的選項上打個“√”。這例病人就算“臨牀治癒”了，不管他體內的病毒是否消失。
現在，隨着干擾素及核苷(酸)類藥物的廣泛應用，乙肝病毒終於可以在藥物的抑制下無法猖狂複製，甚至還可能從血液中消失。在這種情況下，如何定義乙型肝炎的治癒呢?
我國2015年版《慢性乙型肝炎防治指南》定義：乙型肝炎的臨牀治癒是指“持續病毒學應答且HBsAg陰轉或伴有抗-HBs陽轉、ALT正常、肝組織學病變輕微或無病變。”這種臨牀治癒比上個世紀的臨牀治癒更進了一步，不僅要求肝功能恢復正常，而且還要求持續的HBV DNA檢測不到。
近年來，國際上一些專家提出了乙型肝炎病毒感染治癒的一些新概念：完全治癒、功能性治癒和部分治癒。
①完全治癒(Complete sterilizing cure或Absolute cure)：是指患者在治療後HBsAg檢測不到，HBV DNA清除，包括cccDNA及整合DNA的清除。
但是，就目前現有治療手段而言，HBV感染完全治癒尚是一個很難完成的任務。有研究顯示，HBsAg消失10年後，約14%的患者肝臟中仍可檢測出cccDNA。因此，可以解釋一些HBsAg陰性、抗HBs陰性或陽性、抗HBc陽性的者(既往感染過乙型肝炎病毒者)在使用抗腫瘤藥物和免疫抑制劑治療時發生的乙型肝炎再激活現象。
②功能性治癒(Functional cure)：是指有限療程停藥後HBsAg消失，伴或不伴HBsAg血清學轉換，血清中HBVDNA檢測不到。
這種乙型肝炎病毒感染的功能性治癒和我國2015年版《慢性乙型肝炎防治指南》定義的乙型肝炎臨牀治癒是一致的。研究顯示，經干擾素類藥物或核苷(酸)類藥物治療後獲得HBsAg消失或血清學轉換的乙肝患者停藥後疾病復發的風險低，肝細胞癌發生的風險顯著降低。而且，HBsAg消失或血清學轉換髮生早的患者預後更好。
儘管目前的藥物治療可以達到這種乙型肝炎病毒感染“功能性治癒”的比例都沒有超過10%，但近幾年各國指南都把這種“功能性治癒”作爲一種最滿意的乙型肝炎治療目標。經過醫生和病人的共同努力，確有一些病人達到了這一目標。
近些年來科學家們努力研製的一些新藥，也是希望幫助乙型肝炎病毒感染者達到這一目標的。
③部分治癒(Partial cure)：是指停藥後血清HBV DNA持續檢測不到，但血清HBsAg仍可檢出。
這種“部分治癒”就是屬於那些經過治療後達到HBeAg血清學轉換和持續HBV DNA檢測不到幾年以上，但HBsAg沒有被清除，停藥後沒有復發的那些患者，這也是抗病毒治療的目標之一。
