因克羅恩病患者手術後複發率高，故手術適應證主要是針對併發症，包括完全性腸梗阻、瘻管與腹腔膿腫、急性穿孔或不能控制的大量出血。應注意，對腸梗阻要區分炎症活動引起的功能性痙攣與纖維狹窄引起的機械梗阻，前者經禁食、積極內科治療多可緩解而不需手術；對沒有合併膿腫形成的瘻管，積極內科保守治療有時亦可閉合，合併膿腫形成或內科治療失敗的瘻管纔是手術指徵。
手術方式主要是病變腸段切除。術後復發的預防至今仍是難題。一般選用美沙拉嗪；甲硝唑可能有效，但長期使用不良反應多；硫唑嘌呤或巰嘌呤在易於復發的高危患者可考慮使用。預防用藥推薦在術後2周開始，持續時間不少於3年。
