細菌性結膜炎可能復發，過敏性結膜炎與病毒性結膜炎在再次接觸致敏物或身體抵抗力下降時可再次發作。
急性結膜炎可能復發。病因不同，復發機率不同。細菌性結膜炎治癒後復發機率不大，若是病毒性結膜炎，由於病毒在體內潛伏，身體抵抗力下降後，可導致病毒重新繁殖，易復發。過敏性結膜炎由眼部皮膚與黏膜對致敏物可產生過敏反應，再次接觸致敏物時，可導致復發。
急性結膜炎復發，若因病毒感染引起，可選擇類固醇眼藥水滴眼，可減輕症狀。若是細菌引起結膜炎，可使用抗生素眼藥水或眼藥膏治療，必要時可口服或靜脈輸注抗生素。
