做胃腸鏡檢查屬於創傷性檢查，在檢查過程中不可避免地會出現胃腸粘膜損傷，但胃粘膜可自行修復，損傷更小。如果不做活檢，建議在1小時後進食，如果有活檢，建議在3天內減少劇烈運動。 胃鏡檢查後半小時內，患者應儘量避免進食及喝水，以免進食引起嗆咳及一些吸入性肺炎的情況。胃鏡檢查1至2個小時後，患者可以慢慢進食一些水喝流質食物。同時，應避免在胃鏡檢查後進食辛辣、刺激性及油膩的食物。胃鏡檢查後，儘量在一至兩天內吃一些清淡的食物，避免吸菸和飲酒，避免飲濃茶、咖啡等。 胃腸鏡檢查後會有一定程度的腹脹，可以做適量的運動，以便排氣，減少腹脹的感覺。胃腸鏡檢查後，如果在腸鏡檢查時進行活檢，則需要臥牀休息，3天不做劇烈運動，15天內不要做體力勞動。如果胃腸鏡檢查後持續腹痛和大便流血，請及時到醫院就診。
