精神分裂症的病因尚末完全闡明，較公認的觀點是：易感素質和外部不良因素通過內在生物學因素共同作用而導致疾病的發生。
神經遞質功能異常
神經生化研究顯示，精神分裂症患者存在有多種神經遞質功能異常，主要涉及多巴胺、5-羥色胺、穀氨酸。中樞多巴胺水平增高，功能亢進，傳統抗精神病藥均爲中樞神經系統多巴胺受體的阻滯劑。中樞5-羥色胺水平異常，新型抗精神病藥除了對多巴胺受體有拮抗作用外，還對5-羥色胺受體有拮抗作用。中樞穀氨酸水平低下，功能不足。
神經解剖和神經影像學研究顯示，精神分裂症患者顳葉、額葉及邊緣系統存在腦組織萎縮，腦室擴大和溝回增寬。
母孕期病毒感染、圍產期併發症、幼年的不良應激和軀體疾病與神經系統發育缺陷有關，在精神分裂症發病中有一定影響。
遺傳因素
流行病學調查顯示，精神分裂症患者親屬中的患病率高於一般人羣，血緣關係越近，患病率越高。分子遺傳學研究提示了與精神分裂症有關的易感基因位。目前普遍認爲，精神分裂症可能是多基因遺傳，發病是由若干基因的疊加作用所致。
不良社會心理因素
不良的生活事件、經濟狀況、病前性格等社會心理學因素，在精神分裂症發病中可能起到了誘發和促進作用。
