化膿性扁桃體炎會導致吞嚥困難或呼吸困難，還可能引起鄰近組織和器官炎症。
1、吞嚥困難或呼吸困難
化膿性扁桃體炎經過相應治療後會好轉，但治好後扁桃體有可能存在着腫大現象。如果腫大比較明顯，患者吞嚥功能會受到影響，甚至導致吞嚥困難。而且腫大扁桃體也會影響呼吸，使患者在睡覺時出現打鼾現象，甚至造成呼吸困難。
2、鄰近組織及器官炎症
化膿性扁桃體炎一直沒有得到有效治療，炎症有可能波及鄰近組織以及器官，從而引起鄰近組織及器官炎症。比較常見是扁桃體周圍膿腫、急性中耳炎、急性淋巴結炎、急性喉炎、急性風溼熱等。還有可能影響到關節及腎臟健康，導致關節炎或腎炎。
