通常情況下，如果形態異常的精子超過70%，是比較嚴重的精子畸形，是不容易懷孕的，就算懷孕了也會導致妻子流產、胎停育等。當出現大量精子畸形，而且妻子已經發生習慣性流產，患者就應該考慮進行染色體核型檢查，男方很可能具有染色體異常。當然，精索靜脈曲張、職業或環境接觸毒物、放射線、微波、服用藥物不當、食物污染、感染及應激等因素，也會嚴重影響睾丸生精過程，出現精子畸形。如果畸形精子症的原因不能夠明確出來，就可以診斷是特發性畸形精子症，它實質上是一種原因不明的睾丸生精障礙。
從優生優育的角度來說，精子畸形率高的情況下是不應該懷孕的，應該要改善情況後再懷孕，增加受孕機率。因爲精子的頭過大或其他形態異常，本身就不利於穿透宮頸粘液所形成的微小通道。宮頸粘液中常可見到頭特別小的精子，多數因爲無頂體存在。所以，只要精子畸形率高，就應該積極治療，不要強行懷孕，不然會流產，或者會影響孩子的智力健康。
