感染皰疹性咽峽炎病毒後，病毒會先潛伏在患兒體內2到4天，在病毒潛伏的這段時間內，孩子一開始不會有異常表現，接近潛伏期結束時，會有輕微的感冒症狀，隨後便進入了小兒皰疹性咽峽炎的急性發病期。
一、高熱。潛伏期一過，皰疹性咽峽炎及進入爆發期，也就是家長所看到的孩子突然間發病，出現發熱的症狀，嚴重的患兒體溫可超過40度，有不少孩子可能會因爲高燒引發抽搐。家長應注意監測孩子體溫，注意給孩子進行降溫處理，嚴重情況下，需帶孩子到醫院就診。
二、出疹。患兒在發熱期時咽喉發紅，待退燒後就會生出白色皰疹，皰疹波及範圍包括軟齶扁桃體，甚至舌頭表面等處。
三、皰疹破潰。隨着病情發展，患兒口腔中的皰疹會從最初的白色樣皰疹開始破潰，出疹期和皰疹破潰期都會影響患兒的進食，也會影響孩子的情緒，在此階段，家長應注意護理。
四、癒合期。皰疹破潰後，會很快開始癒合，這也代表，皰疹性咽峽炎即將痊癒。
