小兒支原體肺炎的治療與一般肺炎的治療原則基本相同，採取綜合治療措施。包括一般治療、對症治療、抗生素的應用、腎上腺皮質激素，以及肺外併發症的治療等5個方面。
治療最主要的是呼吸道隔離。由於支原體感染可造成小流行，且患兒病後排支原體的時間較長，可達1～2個月之外。嬰兒時期僅表現爲上呼吸道感染症狀，在重複感染後才發生肺炎。同時容易再感染其它病毒，導致病情加重遷延不愈。因此，對患兒或有密切接觸史的小兒，應儘可能做到呼吸道隔離，以防止再感染和交叉感染。對病情嚴重有缺氧表現者，或氣道梗阻現象嚴重者，應及時給氧，給氧方法與一般肺炎相同。
中西醫結合治療效果好：
正確選擇抗菌素是治療支原體肺炎成敗的關鍵。由於支原體躲在細胞內，而青黴素類及頭孢黴素類藥物在細胞內濃度很低，加之這兩種抗菌素是通過破壞細菌的細胞壁殺滅細菌的，而支原體沒有細胞壁，使得以上兩種抗菌素“無能爲力”。臨牀應用證實紅黴素在細胞內濃度很高，可以殺滅支原體，但是紅黴素副作用較大，近年已用阿奇黴素代替，後者作用時間長，每天只需服用一次，副作用相對較少。一般需服用2～3周藥物，否則容易復發。
在服用抗生素的同時應用中醫中藥療效更好，因爲中藥治療支原體感染不僅是針對支原體，還可調動機體的免疫功能，促進排痰，增強呼吸功能。常用炙麻黃、杏仁、生石膏、黃芩、射干、蟬衣、殭蠶、前胡、沙蔘等藥物配合。
家庭護理預防很重要：
家長要讓患兒多休息，臥室要保持空氣新鮮，室溫保持在18～20℃，溼度在60%左右，以防呼吸道黏液變得乾燥不易咳出。
飲食要少量多餐，吃營養豐富又易消化的食物，多飲水。
患兒在發病期間要注意隔離，以防傳染給他人。
家長平時要帶孩子多到綠地等自然環境中活動。
適當增加富含維生素C及鋅的食物。
家長平時要注意天氣變化，及時替寶寶增減衣服。
孩子的玩具要經常消毒。
要教育孩子在咳嗽時用手帕或餐巾紙捂嘴，儘量減少飛沫向周圍噴射。
在托幼機構內如發現病兒需立即隔離，以免傳染給其他寶寶。
