一般來說，卡氏肺囊蟲肺炎是可以治癒的。必須注意免疫抑制者與患者的隔離，防止交叉感染。對高危人羣應密切注意觀察。對有發生卡氏孢子蟲危險的病人，應用藥物預防，可有效地防止潛在感染轉變爲臨牀疾病和治療後復發。
針對病原治療，以前常用戊烷脒肌注10～14天。亦可氣霧吸入，早期應用此藥，至少60%患兒可以治癒，但約半數患兒可出現較重的不良副作用。如局部發生無菌性膿腫、皮疹、低血壓、噁心、嘔吐、眩暈、低血糖、低血鈣、巨幼紅細胞性貧血、血小板減少、中性粒細胞減少及肝腎功能損害等；
正確選用抗菌藥物是治療的關鍵， 對於輕症，可選用口服抗菌藥，如大環內酯類及喹諾酮類抗菌藥等。對於中、重症肺炎可採用靜脈點滴，應用某種抗菌藥至少要觀察3-5天，無效後才考慮更換其它抗菌藥物。
