慢性腦膜炎臨牀表現與急性腦膜炎極爲相似，只是疾病的進展稍稍有些緩慢，不是若干天而是若干周。發熱可能很輕微。在新生物性腦膜炎中，常見頭痛、癡呆、背痛以及顱神經和周圍神經的癱瘓。可發生慢性交通性腦積水的併發症。病程可進展加重，在數週至數月內導致死亡。
慢性腦膜炎可見於真菌感染、結核病、萊姆病、艾滋病、梅毒或一些非感染性疾病如肉樣瘤病，貝切特綜合徵以及新生物，例如白血病、淋巴瘤、黑色素瘤、腦部轉移癌以及膠質瘤(特別是成膠質細胞瘤、室管膜瘤和髓母細胞瘤)。慢性腦膜炎必須與恢復過程較爲延長的急性腦膜炎或腦炎有所鑑別，還必須與複發性腦膜炎(例如見於顱咽管瘤滲漏或頭部外傷後)區別。
由於腦部症狀緩慢演進，必須與腦部結構性病變作鑑別(例如腦腫瘤，腦膿腫，硬腦膜下積液)。身體其他部位的活動性結核病竈，或原發的惡性腫瘤，都能提示疾病的病因，但必須作腦脊液檢查以便確定診斷，除非有腰穿的禁忌證。腦脊液的細胞計數一般＜1000/μl，以淋巴細胞爲主；糖定量往往降低，而蛋白定量可有增高。
在新生物性腦膜炎中，腦脊液發現包括淋巴細胞爲主的細胞增多症，糖定量降低，蛋白定量略增高，以及往往有顱壓的增高。在梅毒中，腦脊液發現與其他亞急性腦膜炎相似，但通常糖定量正常；血液及腦脊液VDRL試驗與梅毒血清試驗結果通常均陽性。
如果身體出現以上異常，必須對腦脊液作顯微鏡檢或培養，以確定惡性細胞或致病菌。由於對大多數感染需要應用高度特異性的藥物作較長時期的治療，在治療開始之前對病原菌的精確識別至爲重要。致病的真菌往往能在腦脊液離心後的沉澱中被找到；結核菌須經過抗酸染色與免疫熒光檢測。
