腸道菌羣失調首先要明確原因，臨牀上最常見的是長期應用抗生素後，腸道菌羣失調，最主要的治療首先要停止誘因，停止抗生素。此外，患者應注意飲食中多喝酸奶，尤其是常溫酸奶。這種食物可以調節腸道菌羣。雖然可以口服藥物治療，但療程很長。一天三次，飯前、飯後不受限制，吃約一個月，患者腸道菌羣失調症狀可能明顯改善。
腸道菌羣失調一般需要多長時間才能恢復
1、腸道菌羣一般需要一段時間的調整，至少需要一週以上的時間，療程多半個月到一個月左右，主要是補充益生菌，配合飲食調整。
2、通常以益生菌等調整腸道菌羣失調的藥物爲主，可促進腸道功能的恢復和食物的消化。還可以吃酸奶，有利於腸道正常菌羣調節。保守治療後，恢復良好，一個月內恢復。恢復緩慢的話，可能需要半年的胃腸烹飪。
腸道菌羣失調的症狀
1、腸道菌羣失調的症狀包括嚴重腹瀉或慢性腹瀉。腹瀉大多是淡黃色或淡綠色的稀水樣大便，大便不成形，有時像蛋花湯。
2、感染真菌的大便會變成泡沫般的稀水樣，大便中有血和膿，伴有腥味。
3、小腸胃粘膜糜爛活爲小腸胃粘膜潰瘍，多次無臭味，伴有粘液性大便，有時呈水泄漏樣品，伴有消化不良症狀。
